Kajsa er byens bedste klatretyv. Hun bor i den druknede by, hvor alle huse og gader er oversvømmede. Heldigvis har hendes bedste ven Isak en ramponeret undervandsbåd, som de drømmer om at reparere og sejle langt væk i sammen.
Men en dag stjæler Kajsa nogle værdifulde krystaller, og pludselig har hun og Isak byens mest frygtede forbryder efter sig ...
"Krystalskibet" er et storslået eventyr til vands og i luften, om venskab, forræderi, vandrotter – og nogle helt særlige krystaller.
