Die globale Ökowende ist gescheitert. Um 2050 herum kulminieren die Umweltprobleme, Untergangsstimmung macht sich breit. Das Projekt ›Last Resort‹ soll der Menschheit langfristig eine Zukunftsperspektive eröffnen. Dutzende interstellare Raumschiffe starten zu verschiedenen potenziell habitablen Planeten in relativer Erdnähe, ›bemannt‹ mit Explorationsbots, den sogenannten Aktenkoffern. Jeder Bot trägt die Bewusstseinssimulation einer realen Person in sich, die auf der Erde zurückgeblieben ist. Eines dieser Bewusstseine ist das von John Nowak, doch bei der Ankunft des Raumschiffs im Orbit des Zielsystems Imago kommt es zu einem unvorhergesehenen Vorkommnis.
»Black Box« ist die fantastische Lebensgeschichte des John Nowak, des Mannes mit den drei Leben: erst Mensch, dann Explorationsbot und schließlich wieder Mensch.