Kaarneen varjo vie lukijan matkalle 1700-luvun Turkuun ja Skotlantiin. Se on tarina muistin epäluotettavuudesta, järjestä ja hulluudesta sekä uskosta tieteeseen ja paholaiseen.
Turun Puolalanmäellä sijaitsevan Kaarneen talon isäntä Alexander Keith on kadonnut. Hänen ystävänsä medisiinari Thomas Hope herää sekavasta unesta muistinsa menettäneenä. Kukaan ei suostu kertomaan, mitä on tapahtunut, mutta naapurit kuiskailevat paholaisesta ja kokoontumisista, joita talossa on pidetty. Penkoessaan Alexanderin menneisyyttä ja omia muistojaan Thomas joutuu kyseenalaistamaan, mitkä Kaarneen isännän tarinoista olivat totta ja mitkä sepitettä.
Samaan aikaan professorin tytär Elisabeth Augustin etsii paikkaansa maailmassa. Itsenäiseen elämään tottunut nuori nainen on menettänyt kaiken isänsä kuoltua ja joutunut sukulaismiesten holhouksen alle. Kuinka pitkälle hän on valmis menemään saadakseen taas vallan omaan elämäänsä?
Autioitunut Kaarneen talo vetää puoleensa niin Thomasia kuin Elisabethia. Kun he kohtaavat toisensa, aukeaa molemmille uusia mahdollisuuksia saavuttaa se, mitä he eniten haluavat.
