Varje dag när Malte kommer hem från skolan klättrar han upp i den stora eken på kyrkogården. Därifrån kan han se hela byn. Det finns inte så många barn i Maltes by, men väldigt många djur. En dag hittar han en fladdermusunge under sin ek. Den har ramlat ner från kyrktornet. När Malte räddar fladdermusungen öppnas en helt ny värld för honom. Vem är den där kyrkvaktmästaren Algot? Och hur ska de få stopp på Herrman Wrång som tycker att fladdermöss är ohyra och vill få bort dem från byn?
Malte, fladdermuspojken är en berättelse om samhörighet, empati och om att skapa förutsättningar för djur och människor att leva bredvid varandra i harmoni.
