Jason Bourne joutuu kammottavan valinnan eteen. Jason Bourne on suorittamassa tehtävää Lähi-idässä, kun terroristi El Ghadan kaappaa hänet. Siepattuina ovat myös Bournen ystävä Soraya Moore ja tämän pieni tytär. Samaan aikaan Israelin ja Palestiinan välille on syntymässä historiallinen rauhansopimus, jonka solmimisessa Yhdysvaltain presidentillä on merkittävä rooli. Bourne voi pelastaa Sorayan ja tämän tyttären vain suostumalla terroristin vaatimukseen murhata presidentti.