På dybt vand med mysterieklubben! Da Amanda og Carl læser i avisen, at der er observeret et mystisk lys om natten i Bøgenæs Bugt, vil de selvfølgelig undersøge sagen. De er jo Mysterieklubben, og det er lige en sag for dem!
Til at starte med er det bare spændende at snige sig ud i ly af sommernatten for at se lyset med egne øjne, men da de bliver taget på fersk gerning, er de pludselig i stor fare. Men der skal mere til at skræmme dem, og de låner naboen Holgers båd, så de kan sejle ud og se nærmere på det sære lysskær. Men det går ikke helt som planlagt, og snart er spærret inde i en ubåd dybt nede under havets overflade. Hvis de skal slippe helskindede derfra, er de nødt til endnu en gang at følge Mysterieklubbens motto: Modig og Klog!
Mysterieklubben og ubåden er anden bog i Patrik Bergströms og Filippo Vanzos actionserie om Amanda og Carl, fyldt med fart og spænding fra start til slut.