Als Ninjas ein englisches Handelsschiff angreifen, ist der Matrosenjunge Jack Fletcher der einzige Überlebende. Es gelingt ihm, sich und das wertvolle Logbuch seines Vaters an die japanische Küste zu retten. Doch Jack muss untertauchen, denn der neue Herrscher Japans verfolgt erbarmungslos alle Ausländer. Auf der Flucht gewähren ihm ausgerechnet die Erzfeinde der Samurai Unterschlupf: Großmeister Soke und seine Ninja-Kämpfer.
